Cancer Cell | 肝癌免疫治疗新靶点STK40,双管齐下克服耐药



肝细胞癌(HCC)对免疫检查点阻断疗法响应率低,主要归因于肿瘤内在抵抗T细胞杀伤的能力以及免疫抑制性肿瘤微环境。为解决这一问题,2026年5月28日,上海交通大学王存、覃文新、杨宇、Rene´ Bernards共同通讯在Cancer Cell在线发表题为“Targeting tumor-intrinsic STK40 induces immune vulnerability and drives T cell reinvigoration”的研究论文,该研究在免疫健全和免疫缺陷的小鼠HCC模型中开展了全激酶组水平的体内CRISPR-Cas9敲除筛选,首次鉴定出STK40为免疫逃避的中枢调节因子。靶向STK40可恢复肿瘤内源性IFN-γ反应性,同时增强肿瘤外源性cDC1介导的T细胞活化,消除有效抗肿瘤免疫的两个关键障碍。这项研究揭示了STK40作为双功能免疫检查点,是克服多种癌症免疫治疗耐药性的有潜力的广谱靶点。

南模生物为该研究提供了OT-I (V2) (NM-KI-241329),M-NSG (NM-NSG-001),Xcr1-IRES-Cre (NM-KI-200237) 小鼠模型。


亮点速递

  • 首次发现STK40是肝细胞癌(HCC)免疫逃逸的关键调控因子;

  • STK40通过双重机制同时增强肿瘤内在敏感性和T细胞活化;

  • 靶向STK40可增强抗肿瘤免疫,抑制肿瘤进展。


1

体内CRISPR筛选识别

HCC中免疫逃逸的调控因子

为了系统筛选肝细胞癌(HCC)中肿瘤内在的免疫逃逸调控因子,研究者们利用HCC小鼠模型开展了体内激酶组CRISPR dropout筛选(图1A)。设计了一个慢病毒CRISPR-Cas9敲除文库。为保证Cas9活性和T细胞免疫选择压力,研究者们构建了稳定共表达Cas9和卵清蛋白(OVA)的Hepa1-6细胞克隆,并基于PD-L1敲除效率筛选出高编辑活性的克隆3。该细胞皮下接种后能诱发强烈的抗原特异性CD8+ T细胞应答,并延缓肿瘤生长。随后,将携带激酶文库的细胞转导后,植入预先OVA免疫的Rag1-/-免疫缺陷或野生型小鼠,并分别给予同型对照或抗PD-1抗体治疗(图1A)。移植后第16天收集肿瘤进行sgRNA分析。通过三个比较组(WT vs. Rag1-/-、WT+抗PD-1 vs. WT、WT+抗PD-1 vs. Rag1-/-)中sgRNA的耗竭排序(图1B),研究者们识别出15个在所有免疫选择条件下均持续耗竭的基因(图1C)。其中8个基因(Ptp2n、Cop1、Ctnnb1、Adar1、Ep300、Serpinb9、Hdac1、Kdm1a)已知参与免疫逃逸或耐药,验证了筛选的可靠性。值得注意的是,Stk40是耗竭最显著的靶点,但其在肿瘤免疫逃逸中的功能尚未被报道


2

Stk40缺失增强HCC中的抗肿瘤免疫

为评估STK40在HCC免疫治疗中的临床相关性,研究者们分析了接受抗PD-1治疗的HCC患者肿瘤样本,发现响应者中STK40表达显著低于非响应者。为阐明Stk40在免疫逃逸中的作用,研究者们构建了Stk40敲除的Hepa1-6和Hep53.4细胞。Stk40缺失在体外不影响细胞增殖,表明其在细胞自主条件下对HCC生长非必需。在竞争性体内实验中,将Stk40缺陷(mCherry+)与对照(EGFP+)细胞以1:1共植入不同免疫压力的小鼠。结果显示,在野生型或抗PD-1治疗的野生型小鼠中,Stk40缺陷细胞被显著耗竭,但在免疫缺陷Rag1-/-小鼠中则未被耗竭(图1E)。Stk40缺陷肿瘤在Rag1-/-小鼠中生长与对照相当(图1F),但在免疫正常野生型小鼠中生长显著受损,表明STK40的调控功能需完整适应性免疫系统。抗PD-1治疗可诱导Stk40缺陷肿瘤完全消退(图1G),且治愈小鼠获得对再挑战的保护性免疫(图1H),提示建立了持久免疫记忆。为在更生理的系统中验证,研究者们建立了自发HCC模型。与皮下模型一致,Stk40缺失在Rag1-/-小鼠中对肿瘤进展或生存无影响(图1I,1J),但在免疫正常小鼠中显著抑制肿瘤生长并延长生存期(图1K,1L)。非炎症性MycOE;Trp53KO肿瘤对PD-1阻断无效,而Stk40缺陷使其对PD-1治疗敏感,显著改善生存(图1K,1L)。进一步构建肝细胞特异性Stk40敲除小鼠(Stk40fl/fl;Alb-Cre),其肝脏Stk40完全缺失(图1M)。注射致癌质粒后,肝细胞特异性Stk40缺失完全阻止肿瘤发生,这些小鼠实现100%长期生存且MRI未见肿瘤(图1N,1O)。总之,STK40是HCC免疫逃逸的关键介质。在多种免疫正常HCC模型中,STK40缺失显著抑制肿瘤发生与进展,并增强免疫治疗效果。

图1. 体内CRISPR筛选鉴定STK40为HCC免疫逃逸调控因子


3

Stk40缺失使HCC细胞对

CD8+ T细胞介导的杀伤敏感

为明确介导Stk40缺陷HCC细胞免疫易感性的免疫亚群,研究者们使用抗体耗竭方法评估了CD8+ T细胞、CD4+ T细胞和NK细胞的贡献。结果发现,CD4+ T细胞或NK细胞耗竭不影响Stk40缺陷肿瘤的生长,而CD8+ T细胞耗竭则挽救了其在免疫正常小鼠中的生长受损(图2A)。同样,CD8+ T细胞耗竭也消除了肝细胞特异性Stk40敲除小鼠对肿瘤发生的抵抗(图2B)。为进一步确定Stk40是否为CD8+ T细胞介导细胞毒作用的关键调控因子,研究者们在OT-I细胞转移模型中进行了体内筛选。将携带激酶文库的Hepa1-6-Cas9+-OVA+细胞移植到Rag1-/-小鼠后,再给予活化的OT-I细胞处理。结果显示,在OT-I细胞存在下,Stk40是被耗竭最显著的基因之一(图2C)。为阐明STK40抵抗CD8+ T细胞毒性的肿瘤内在机制,研究者们进行了体外竞争实验,将Stk40缺陷与对照HCC细胞混合后与活化OT-I细胞共培养。结果发现,Stk40缺陷细胞被选择性耗竭(图2D)。体内竞争实验也证实,在接受OT-I细胞的小鼠中Stk40缺陷细胞被优先清除(图2E)。此外,在过继转移模型中,Stk40缺陷肿瘤对OT-I介导的治疗敏感性显著增强(图2F)。综上,Stk40缺失使HCC细胞对CD8+ T细胞毒性敏感


4

Stk40缺失通过破坏COP1介导的

IFNGR1降解来激活肿瘤内在的干扰素信号

为阐明Stk40介导CD8+ T细胞免疫逃逸的机制,研究者们在多种条件下对Stk40缺陷与对照Hepa1-6细胞进行转录组分析(图2G)。基因集富集分析显示,在暴露于CD8+ T细胞的Stk40缺陷HCC细胞中,IFN反应特征显著富集,而在无CD8+ T细胞压力下则无此现象(图2H)。与活化OT-I细胞共培养进一步证实Stk40缺陷细胞中IFN信号增强,表现为STAT1磷酸化增加(图2I)。这些结果表明Stk40缺失促进了CD8+ T细胞触发的肿瘤内在IFN信号激活。鉴于IFN-γ在T细胞杀伤中的关键作用,研究者们发现中和IFN-γ可消除Stk40缺陷细胞对OT-I细胞毒性的增强易感性(图2J)。为探究分子机制,通过免疫共沉淀鉴定出COP1和IFNGR1为STK40的主要相互作用蛋白(图2K)。Stk40与Cop1在CRISPR筛选中均持续耗竭。研究者们假设STK40可能促进COP1介导的IFNGR1蛋白酶体降解。实验证实STK40是COP1-IFNGR1复合物形成所必需的(图2L)。Stk40缺失增加IFNGR1蛋白丰度,而过表达则降低其水平(图2M),但不影响mRNA水平。Stk40缺陷减弱了IFNGR1多聚泛素化(图2N),而MG132抑制蛋白酶体可恢复IFNGR1水平(图2O)。Cop1敲除消除了STK40介导的IFNGR1下调,而Cop1过表达则以Stk40依赖方式降低IFNGR1水平(图2P,2Q)。这些结果确立了STK40作为适配蛋白,促进COP1介导的IFNGR1泛素化和降解。在自发性HCC模型中,Ifngr1缺失显著减弱了肝细胞特异性Stk40敲除的肿瘤抑制效果,导致肿瘤重新形成并失去长期无瘤生存(图2R,2S)。总之,STK40与COP1协同促进IFNGR1泛素化降解,从而减弱HCC细胞的IFN-γ反应性

图2. Stk40缺失通过破坏IFNGR1蛋白酶体降解使HCC细胞对CD8+ T细胞介导的杀伤敏感


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Stk40缺失增强cDC1介导的CD8+ T细胞活化

肿瘤免疫逃逸由内在机制与T细胞功能抑制共同介导。Stk40缺陷增加了HCC细胞对免疫杀伤的易感性。为明确其是否重塑微环境,研究者们对对照和Stk40缺陷肿瘤中的CD45+免疫细胞进行单细胞RNA测序。UMAP聚类显示,Stk40缺陷肿瘤中CD8+ T细胞和树突状细胞均富集(图3A)。CD8+ T细胞亚聚类表明,效应细胞增加、耗竭亚群减少(图3B)。树突状细胞亚聚类显示1型常规树突状细胞(cDC1)显著扩增(图3C)。Stk40缺陷肿瘤中CD8+ T细胞与CD103+ cDC1的浸润和活化均增加(图3D,3E)。鉴于cDC1对CD8+ T细胞活化至关重要,CellPhoneDB分析显示Stk40缺陷肿瘤中DC与CD8+ T细胞的通讯网络增强(图3F)。其CD103+ DC具有更高的H-2Kb-SIINFEKL复合物水平(图3G),且肿瘤内OVA特异性CD8+ T细胞频率更高(图3H)。结果表明,Stk40缺失可增强cDC1介导的交叉呈递及CD8+ T细胞活化。为评估cDC1的作用,将对照或Stk40敲除质粒注射至野生型或Batf3-/-(缺乏cDC1)小鼠。在Batf3-/-小鼠中,Stk40缺失相关的肿瘤抑制、生存获益和CD8+ T细胞富集均消失(图3I)。皮下模型结果一致(图3J),证明cDC1是Stk40缺陷诱导抗肿瘤免疫所必需的


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Stk40缺陷上调HCC细胞中Csf2的表达

肿瘤细胞常通过分泌细胞因子重塑免疫微环境。为研究Stk40缺陷如何促进TME中cDC1的积累与活化,研究者们分析了对照与Stk40缺陷HCC细胞的细胞因子表达。结果显示,对cDC1成熟至关重要的GM-CSF(由Csf2编码)在Stk40缺陷细胞中显著上调(图3K,3L)。qRT-PCR和ELISA分别证实了Csf2表达升高和GM-CSF分泌增加(图3M,3N)。为明确肿瘤来源的GM-CSF是否介导Stk40缺陷的抗肿瘤效应,研究者们构建了Stk40/Csf2双敲除细胞。Csf2缺失显著恢复了Stk40缺陷肿瘤的生长抑制(图3O),并消除了CD8+ T细胞与CD103+ DC浸润和活化的增加(图3P)。体内实验中,cDC1特异性缺失GM-CSF受体(Csf2rbfl/fl;Xcr1-Cre)完全消除了Stk40缺陷引起的肿瘤生长抑制(图3Q),也消除了CD103+ DC和CD8+ T细胞的浸润与活化增加(图3R)。因此,cDC1中的GM-CSF信号对Stk40缺失触发的抗肿瘤免疫至关重要

图3. Stk40缺陷促进cDC1介导的抗肿瘤免疫


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使用LNP-siRNA靶向STK40

可激活抗肿瘤免疫并抑制肿瘤进展

尽管Stk40缺失可致围产期致死,但其在成年小鼠中的作用尚不明确。为评估治疗性抑制STK40的全身毒性,研究者们构建了他莫昔芬诱导的Stk40敲除小鼠(Stk40fl/fl;Rosa26-CreERT2),并于3周龄时腹腔注射他莫昔芬(图4A)。qRT-PCR证实多组织中Stk40表达显著降低(图4B)。7个月观察期内,雌性小鼠体重无显著下降,雄性仅轻微减轻。主要器官组织学未见明显异常(图4C),仅轻微肠道炎症。为评估Stk40缺失对已建立肿瘤的治疗效果,在HCC诱导后第10天使用AAV8-TBG-Cre诱导肝细胞特异性缺失。肝细胞Stk40缺失显著抑制肿瘤进展并延长总生存期(图4D,4E)。针对该假激酶缺乏小分子抑制剂,研究者们开发了LNP-siStk40。瘤内给药有效下调Stk40表达并显著抑制肿瘤生长(图4F)。联合抗PD-1进一步增强了肿瘤抑制及CD8+ T细胞与CD103+ DC的浸润(图4G,4H)。在自发性HCC模型中,全身递送LNP-siStk40显著抑制肿瘤生长并延长生存期,且联合抗PD-1协同增效(图4I,4J)。为模拟人肝癌,研究者们建立了患者来源HCC类器官与PBMC共培养系统。LNP-siSTK40处理可降低类器官活力(图4K)。人源化PDX模型中也证实LNP-siSTK40显著抑制肿瘤生长(图4L)。LNP-siStk40联合PD-1阻断在这些模型中均实现显著肿瘤抑制(图4M)。这些发现确立STK40为跨多种癌症的保守免疫调控因子,凸显其广谱治疗靶点潜力。

图4. 靶向Stk40的LNP-siRNA激活抗肿瘤免疫并抑制肿瘤进展

该研究通过体内CRISPR-Cas9筛选,发现STK40是一个未知的免疫逃逸调节因子。Stk40缺失与PD-1阻断协同诱导肿瘤消退。在流体动力学质粒驱动的HCC模型中,肝细胞特异性Stk40缺失阻止肿瘤发生。机制上,STK40招募COP1泛素连接酶,促进IFNGR1降解。Stk40缺失可稳定IFNGR1,恢复肿瘤细胞对T细胞毒性的敏感性。同时,Stk40缺失触发GM-CSF分泌,增强cDC1的浸润和活化,促进抗原交叉呈递和CD8+ T细胞活化。使用LNP-siRNA抑制STK40并联合PD-1阻断,可在多种癌症中引发强效抗肿瘤反应。这些发现确立了STK40作为克服抗肿瘤免疫耐药的双重作用治疗靶点。


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